Vi khuẩn (Bacteria từ tiếng Hy lạp Baktron có nghĩa là cái gậy) được hiều theo hai nghĩa: Nghĩa hẹp và nghĩa rộng. Theo nghĩa rộng, vi khuẩn bao gồm tất cá vi sinh vật được xếp trong lớp Schizomycetes. Theo nghĩa hẹp, vi khuẩn không bao gồm các nhóm niêm vi khuẩn (Myxobacteriales), xạ khuẩn (Actiromycetales) và xoắn thể (Sporochaetales). Vi khuẩn có một số đặc điểm sau (Theo Bergey, 1957):
Hình thái cấu tạo:
Vi khuẩn chia làm 3 loại: Cầu khuẩn, trực khuẩn, xoắn khuẩn.
Cầu khuẩn: Không có tiên mao, không có khả năng di động. Ở động vật thủy sản gặp: Streptococcus và Staphylococcus. Kích thước 0.5 – 1um.
Trực khuẩn: Có hình que. Động vật thủy sản gặp: Pseudomonas, Aeromonas, Virio. Kích thước 0.5 – 1um.
Xoắn khuẩn: Có một hoặc nhiều vòng xoắn. Ít gặp ở động vật thủy sản. Kích thước (0.5 – 0.3) x (5 – 10) um ít gây bệnh trên động vật thủy sản.
Màng tế bào:
Vi khuẩn thường được bao bọc nhiều lớp màng. Ngoài lớp vỏ dày (capsule) hoặc lớp dịch nhày, tiếp là lớp thành tế bào còn gọi là lớp màng tế bào, bên trong là màng tế bào chất.
Tế bào chất:
Là thành phần chính của tế bào vi khuẩn. Thành phần chủ yếu là phức chất lipoprotein. Khi còn non tế bào chất cấu tạo đồng nhất bắt màu giống nhau khi nhuộm màu. Khi già do xuất hiện không bào và các thể ẩn nhập và các cơ quan con khác: Mezoxom, Ribosom, không bào, các hạt chất dự trữ, các hạt sắc tố.
Nhân tế bào:
Vi khuẩn thường có nhân dạng nguyên thủy. Không phân hóa thành khối rõ rệt như tế bào vi sinh vật khác (nấm men, nấm mốc, tảo lục,…)
Tiên mao và khả năng di động:
Một số vi khuẩn có khả năng di động nhờ các cơ quan đặc biệt gôi là tiên mao (flagella). Tiên mao là sợ nguyên sinh chất rất mảnh chiều rộng 0,01-0,05 um, chiều dài 6-9 um có khi tới 80-90 um. Loài vi khuẩn không có tiên mao, chúng không có khả năng di động.
Bào tử và sự hình thành bào tử:
Một số loài vi khuẩn trong giai đoạn phát triển nhất định có thể hình thành trong tế bào thể hình tròn hay bầu dục gọi là bào tử (Spores) thường gặp ở hai giống Bacillus và Clostridium. Mỗi tế bào chỉ hình thành một bào tử có sức sống rất lâu, chịu được điều kiện bất lợi của noại cảnh ở nhiệt độ 1000C Bacillus cereas chịu được 2,5 phút, Bacillus asterosporus-7,5 phút, B.subtilis-180 phút, bào tử của một số vi khuẩn sống được sau khi đun sôi 5 ngày liền. Thậm chí ở 1800C vi khuẩn gây ngộ độc thức ăn (Clostridium leotulinum) vẫn có thể sống được 10 phút. Do đó muốn tiêu diệt vi khuẩn ta phải khử trùng ở nhiệt độ 65-1700C trong hai giờ.